Azərbaycan Demokratik Cümhuriyyətinin Parlamentinin qərarı ilə 1919-cu ilin oktyabr ayında paytaxt Bakı şəhərində tərkibində 4, o cümlədən tibb fakultəsi olan Dövlət Universiteti yaradıldı. Həmin il tibb fakultəsində ilk 3 kurs fəaliyyət göstərməyə başladı. I kursa yeni qəbuldan əlavə Tiflisdən - Zaqafqaziya Universitetindən Bakıya keçmək arzusunda olan II və III kursların tələbələri köçürüldü. Bu səbəbdən cəmi 2 il sonra, 1921-ci ildə özəl müalicəxananın bazasında hospital cərrahlıq kafedrası yaradıldı. 1920-ci ildən cərrahi propedevtika kafedrasının müdiri professor B.K. Finkelşteyn 1921-ci ilin payızında yeni yaradılmış hospital cərrahlıq kafedrasının müdiri vəzifəsinə seçildi və hər 2 vəzifəni eyni vaxtda icra etməyə başladı. 1 il sonra hospital cərrahlıq kafedrası N.A. Semaşko adına şəhər xəstəxanasının (infeksion xəstələr üçün keçmiş 19 saylı müvəqqəti lazaret) 8-ci yataq korpusuna, 1928-ci ildə isə N.A. Semaşko adına 1200-1500 çarpayılıq böyük klinik xəstəxananın cərrahi korpusunun 120 çarpayılıq bir mərtəbəsinə köçürüldü.
Hospital cərrahlıq kafedrasının yaranması, təşəkkülü və inkişaf tarixi bir neçə ağır və mühüm mərhələlərdən keçmişdir. I mərhələ (1921-1931) kafedranın yaranmasını, klinik bazanın təşkilini, qısa müddətlərdə tədris, müalicə və elmi işlərin qurulmasını əhatə edir. Bu dövrdə kafedrada böyük operativ fəallıq təmin edilmiş, tədris işi nizama salınmış, tələbələr müxtəlif klinik materiallar və tədris vəsaitləri ilə təmin edilmişdir. 1924-cü ildən kafedranın məzunları içərisindən ilk həkim-cərrah kadrları hazırlanmış, geniş həcmdə elmi-tədqiqat işləri aparılmasına başlanılmışdır. O vaxta qədər öyrənilməmiş diyar patologiyalarının tədqiqinə çoxlu işlər həsr edilmişdir. Malyariya mənşəli splenomeqaliya, exinokokkoz, urolitiaz, xolelitiaz və b. mühüm məsələləri əhatə edən sanballı tədqiqatlar aparılmışdır. Bu işlərin əksəriyyəti elmi cəmiyyətlərin iclaslarında məruzə edilmiş və dövri elmi mətbuatda dərc olunmuşdur. 1921-ci ildə professor B.K. Finkelşteynin “Maarif” nəşriyyatında «Руководство по общей хирургии» dərsliyi çapdan çıxdı. Bu illərdə kafedranın 3 əməkdaşı (Гинзбург И.С., 1924; Фаерман И.Л., 1925 və Миркасимов М.А., 1927) klinik cərrahlığın aktual problemlərini əhatə edən doktorluq dissertasiyalarını müvəffəqiyyətlə müdafiə etdilər. Bu dövrdə elmi mətbuatda kafedranın əməkdaşları tərəfindən 2 monoqrafiya, 100-ə qədər elmi əsər dərc edildi, respublika və ittifaq səviyyəli elmi konfranslarda, qurultaylarda çıxışlar olundu.
1930-cu ildə SSRİ Xalq Komissarları Sovetinin qərarı ilə Sovet İttifaqı üzrə tibb fakultələri dövlət Universitetlərindən ayrılaraq müstəqil Tibb İnstitutlarına çevrildi. Bu qərara uyğun olaraq həmin ildə Azərbaycan SSR Səhiyyə Komissarlığının tabeliyində Azərbaycan Dövlət Tibb İnstitutu yaradıldı. Həmin ildən institutda rus dilindən başqa, türkdilli orta məktəb məzunlarının ali təhsilə cəlb olunması məqsədi ilə türk dilində tədrisə başlanıldı. Bu kafedranın tarixinin II dövrünün başlanğıcı idi. Ona görə də milli dildə dərsliklər, dərs vəsaitləri, metodik vəsaitlər, tədris proqramları və əyani vasitələrin dərci ilə yanaşı yüksək təhsilli türkdilli müəllimlərin hazırlanması işinə başlanıldı.
1931-ci ilin sentyabr ayında professor B.K. Finkelşteynin qəfləti vəfatından sonra kafedranın müdiri vəzifəsinə ilk dəfə milli alim - professor M.M. Mirqasımov seçildi. Tibb elminin əksər sahələri, həmçinin cərrahi xəstəliklər fənni üzrə milli elmi terminologiya işlənildi. 1932-ci ildə professor M.M. Mirqasımov tərəfindən ümumi cərrahlıq üzrə türk dilində qısa dərslik tərtib edildi və nəşr olundu.
1941-ci ildə faşist Almaniyası ilə müharibənin başlanması ilə əlaqədar olaraq kafedranın bir çox əməkdaşı orduya çağırıldılar. Kafedrada cəmi 2 əməkdaş saxlanıldı. Müharibə vəziyyəti isə ixtisaslı cərrah kadrları hazırlamaq problemini kəskinliklə ortaya qoydu. Sistemli rəhbərlik, xüsusilə professor M.M. Mirqasımovun məharətli fəaliyyəti, kafedraya yeni qəbul edilmiş əməkdaşların ağır, gərgin əməyi hesabına cərrahlıq sahəsində tələbələrin hazırlığı müvəffəqiyyətlə davam etdirildi.
1951-ci ildən institutda 6-illik tədris prosesinə başlanıldı. Hər kursda ayrılıqda dərs keçmək, onları dərsliklər, dərs vəsaitləri, klinik material və növbətçiliklə təmin etmək zərurəti yarandı. Kafedranın elmi-tədqiqat işləri arasında klinik urologiyanın mühüm problemlərinin öyrənilməsi və elmi araşdırılması önə çxarıldı. Sidikdaşı xəstəliyinin epidemiologiyası və patogenezi məsələlərinə xüsusi diqqət ayrıldı, sidik kisəsinin, prostat vəzinin, xayaların, böyrəklərin xəstəliklərinin öyrənilməsinə böyük əhəmiyyət verildi. Exinokokkoz xəstəliyinin, öddaşı xəstəliyinin, yaraların irinli ağırlaşmalarının və s. öyrənilməsi istiqamətində tədqiqatlar davam etdirildi. Döş qəfəsinin, qarın boşluğunun, oynaqların, damarların odlu silah yaralanmaları, nefrektomiyadan sonra funksiya edən böyrəyin patologiyalarının, qaraciyərin amöb zədələnmələrinin, obliterasiyaedici endarteritin (aterosklerozun), sümük-oynaq vərəminin, qeyri-inhalyasion narkozun və digər problemlərin öyrənilməsi istiqamətində böyük tədqiqatlar aparıldı. Akademik M.M. Mirqasımovun rəhbərliyi altında 10 namizədlik (Əliyev H.K., 1935; Muradov M.F., 1935; Ovnatanyan K.T., 1936; Mahmudbəyov B.M., 1936; Matevosyan A.B., 1939; Nazaryan A.A., 1940; Əlikişibəyov M.M., 1940; Məmmədzadə H.A., 1942; Həbibli H.D., 1952; Ağalarov A.B., 1952) və 5 doktorluq dissertasiyası (Danilyak İ.D., 1935; Frankenberq B.E., 1937; Əliyev H.K., 1937; Ovnatanyan K.T., 1937; Mahmudbəyov B.M., 1939) müvəffəqiyyətlə müdafiə edildi və 3 monoqrafiya nəşr olundu.
1958-ci ildə Professor M.M. Mirqasımovun qəfləti ölümündən sonra hospital cərrahlıq kafedrasına müdir vəzifəsinə kafedranın professoru B.M. Mahmudbəyov seçildi. Əməkdar elm xadimi, Professor B.M.Mahmudbəyov bu vəzifədə 1977-ci ilə qədər fəaliyyət göstərdi. Onun rəhbəriliy dövründə elmi-tədqiqat işlərinin yekunu olaraq ittifaq və respublika elmi mətbuatında, institutun Elmi qeydlərində 100-dən artıq elmi iş çap edilmiş, müxtəlif səviyyəli (Beynəlxalq, Ümumittifaq, Zaqafqaziya, Respublika və b.) elmi-praktik konfrans, simpozium və iclaslarda 70-ə qədər elmi məruzə olunmuşdur. Kafedranın əməkdaşları (M.M. Tağıyeva, K.H. Qədimova, M.M. Mirqasımov, Ş.B. Quliyev, Ə.Ə. Qurbanzadə, R. Quliyev, Ə.H. Əşrəfov, H.A. Sultanov, H.M. Həsənov, R.A. Şahbazov və İ.A. İmanov) namizədlik, dosent M.M. Tağıyeva isə doktorluq dissertasiyasını uğurla müdafiə etmişlər. 1964-cü ildə kafedranın qocaman və çox təcrübəli dosenti M.F. Muradov qəflətən vəfat etdiyinə görə 1940-cı ildən başlayaraq nefrektomiyadan sonrakı tək böyrəyin fiziologiyası, biokimyası, patologiyasına həsr olunmuş, 400-dən çox klinik materialı özündə əks etdirən doktorluq dissertasiyası rəsmi müdafiəyə çıxarıla bilməmişdir. M.M. Mirqasımovun nəqliyyat travmatizminə həsr edilmiş doktorluq dissertasiyası yekunlaşmış, rəsmi müdafiəyə təqdim edilmişdir. Lakin onun 1972-ci ildə qəfləti ölümü nəticəsində müdafiə baş tutmamışdır. Öddaşı xəstəliyi zamanı böyrəklərin vəziyyəti və funksional dəyişikliklərinə həsr olunmuş, zəngin klinik materiala (biokimyəvi, rentgenoloji və radioizotop müayinələri ilə əsaslandırılmış) malik doktorluq disseratasiyasının da (K.H. Qədimova) müdafiəsi iddiaçının qəfləti ölümü (1976) səbəbindən baş tutmamışdır.
1977-ci ildə kafedranın müdiri vəzifəsinə professor İ.M. Məmmədov seçilmişdir. Professor İ.M.Məmmədov kafedra müdiri vəzifəsinin icrasına başladıqdan sonra 120 yerlik yeni mühazirə zalı yaradılmış, endoskopik tədqiqatlar kabineti istifadəyə verilmişdir. Bu kabinetə müasir fibroqastroduodenoskop, fibrokolonoskop, rigid laparoskop və digər optik cihazlar alınmışdır. Tədris prosesinin keyfiyyətini artırmaq üşün tədris vəsaitləri, tədris filmləri, slaydlar, nümayiş avadanığı və s. müəllimlərin və tələbələrin istifadəsinə verilmişdir. Professor İ.M. Məmmədovun rəhbərliyi altında kafedranın və xəstəxananın bir sıra əməkdaşları (K.H. İbişov, İ. Baxşəliyev, R.İ. Mehdiyev, E.K. Bektaşi, S.F. Rəfiyev, S.A. Əliyev, A.X. Muxtarov və aspirant Rüstəmov G.) namizədlik, M.Y. Nəsirov (1985), H.A. Sultanov (1986) və Ə.H. Əşrəfov (1989) doktorluq dissertasiyalarını müvəffəqiyyətlə müdafiə etmişlər. Sonralar professor M.Y.Nəsirov pediatriya fakultəsinin cərrahi xəstəliklər kafedrasının müdiri və eyni vaxtda Tibb Universitetinin prorektoru, Ə.H.Əşrəfov və H.A.Sultanov isə I cərrahi xəstəliklər kafedrasına professor vəzifəsinə seçilmışlər.
1990-cı ildə professor İ.M. Məmmədov kafedranın məsləhətçi professoru vəsifəsini icra etməyə başlayır və onun tövsiyəsi ilə professor H.A. Sultanov kafedranın müdiri vəzifəsinə seçilir. Həmin ildən kafedranın inkişafının üçüncü mərhələsi (1990-2005) başlayır. Professor H.A. Sultanovun rəhbərliyi altında 17 namizədlik (Bayramov S.A. (1992), Musayeva S.R. (1994), Rüstəm Ə.M. (1995), Əliyev E.A. (1995), Kərimova T. (1996), İmanova S.S. (1998), İsgəndərov Q.B. (1998), Həsənova E.B. (1998), Zeynalov B.M. (1998), Mustafayev X.A. (2004), Rzayev T.M. (2004), Əfəndiyev M.A. (2005), Zeynalov N.A. (2005), Təyyari R. (2006), Əzimov E.H. (2007), Yusifov Ə.A. (2007), Mirzəyeva K.A. (2007), Əsgərova S.Y. (2007), Məmmədov K.M. (2008), Mahmudov M.G. (2008), Hümmətov A.F. (2009), Qasımov A.Ş. (2010) və 4 doktorluq (Zeynalov S.M. (1996), Bayramov N.Y. (1999), Musayeva S.R. (1999) və Əliyev S.A. (2003)) dissertasiyası müdafiə edilmişdir.
Professor H.A. Sultanov çap olunmuş 200-dən artıq elmi əsərin, o cümlədən 7 monoqrafiya və dərs vəsaiti, 1 rəhbərlik, 8 metodik vəsaitin müəllifidir. Onun 40 çap vərəqi həcmində "Cərrahi xəstəliklər" dərsliyi uzun illər Tibb Universitetinin müalicə-profilaktika fakultələrinin yuxarı kurs tələbələrinin əsas dərs vəsaiti olmuşdur. Alimin redaktorluğu altında qarın boşluğunun təcili və təxirəsalınmaz cərrahlığına aid irihəcmli kollektiv Rəhbərlik (1994) və E.A. Əliyevlə birgə fundamental koloproktoloji Atlas (2004) dərc edilmişdir. Professorun elmi-tədqiqat işləri əsas etibarı ilə müasir cərrahi və onkoloji koloproktologiyanın ən mürəkkəb, ən ağrılı problemlərinin həllinə yönəlmişdir.
Professor H.A.Sultanovun kafedraya rəhbərlik etdiyi müddətdə kafedranın beynəlxalq əlaqələri xeyli genişlənmiş, Rusiya, Ukrayna və Türkiyə universitetlərinin tibb fakultələri arasında geniş, çoxtərəfli elmi əlaqələr qurulmuş və məhsuldar elmi əməkdaşlıq təmin edilmişdir. Kafedranın dosenti S.M. Zeynalov və S.R. Musayeva N.A.Semaşko adına Moskva Stomatologiya Tibb İnstitutunda doktorantura, dosent S.A. Əliyev N.N. Bloxin adına Elmi Onkoloji Mərkəzdə, assistent E.A. Əliyev Rusiya TEA-nın ET Koloproktologiya İnstitutunda, dosent Bayramov N.Y və assistent Rzayev T.M. Ankara, İstanbul və Van universitetlərində elmi təcrübə keçmişlər. N.Y.Bayramov Van şəhərində 100-cü il Universitetinin Tibb və Veterinar fakultəsinin ümumi cərrahlıq kafedrasını yaratmış, onun ilk müdiri olmuşdur.
Əməkdar elm xadimi, professor H.A.Sultanovun kafedraya rəhbərlik etdiyi dövrdə üçqanadlı, pəncərəli rektal güzgü (Sultanov H.A., 1985), parenximatoz üzvləri kəsmək üçün "Şırnaq skalpeli" (T.M. Rzayev, 2000), boşluqların aktiv sanasiyası üçün aspirator-evakuator (S.A. Əliyev, 2001), fistul yollarını təmizləmək üçün mexaniki fistulektom (Mustafayev X.A,, 2002), exinokokkektomiya üçün laparoskopik qurğu – EULQ-1 (Sultanov H.A., Zeynalov N.A., Zeynalov S.M., ) exinikokkektomiya üçün universal laparoskopik qurğu (N.A.Zeynalov, 2003) və anal sfinkterometr (Sultanov H.A., Əliyev E.A., 2009) hazırlanmış və hazırda operativ müdaxilələrdə müvəffəqiyyətlə istifadə edilir. Kafedranın əməkdaşları tərəfindən qarın boşluğunun kəskin cərrahi xəstəliklərinin diaqnostikası məqsədilə ekspert sistem ("süni intellekt") (Ə.M. Rüstəm, 1991), irinli patologiyalar zamanı lazer-maqnit şüalarının tətbiqi üsulları (F.M. Qapaqov - irinli yaralar və onların ağırlaşmaları zamanı, 1989; N.Y. Bayramov - kəskin osteomielit zamanı, 1992; E.A. Əliyev - kəskin xolesistit zamanı, 1993; R.H. Təyyari - kəskin xolangitlər zamanı, 2002); Bayramov N.Y., Rüstəm Ə.M., Rzayev T.M. və b., Qaraciyərin rezeksiya üsulu, 1998; M.G. Mahmudov, Ə.M. Rüstəm - mədə və OBB xorasının başluqdaxili lazer terapiyası üsulu, 2005; dosent K.H. İbişov tərəfindən yumşaq toxumaların və qarın boşluğunun irinli-iltihabi prosesləri zamanı yeni ultrasəs müalicəsi üsulları işlənilmişdir. Fiziki müalicə üsullarının bir çoxuna görə patent və (və ya) müəlliflik şəhadətnamələri alınmışdır.
2012-ci ilin iyul ayında kafedra müdiri prof. H.A. Sultanov məsləhətçi-professor vəzifəsinə keçmiş və kafedra müdiri vəzifəsinə prof. N.Y. Bayramov seçilmişdir.
Prof. N.Y. Bayramovun rəhbərliyinin ilk aylarından başlayaraq kafedranın fəaliyyətinin sonuncu, yeni cərrahi texnologiyalar və ən müasir tədris-metodik innovasiyalar dövrü başladı. İlk olaraq, onun rəhbərliyi altında kafedranın online rejimdə dinamik fəaliyyət göstərən daimi web-site-si (www.bck.az) yaradıldı, qərb standartlarına cavab verən tədris ptoqramları tərtib olundu, 60 çap vərəqi həcmində “Cərrahi xəstəliklər” dərsliyinin I hissəsinin (II hissə üzərində hazırda tamamlama və dizayn işləri aparılır) elektron variantı tələbələrin və müəllimlərin istifadəsinə verildi. Çoxsaylı monoqrafiyalar və dərs vəsaitləri (“Qaraciyərin regenerasiyası”, Ankara, 1997, N.Y. Bayramov; Kolorektal xərçəng və bağırsaq keçməzliyi”, Bakı, 2012, S.A. Əliyev; “Mədəaltı vəzin cərrahi xəstəlikləri”, Ankara, 2002 , N.Y. Bayramov; “Qaraciyərin cərrahi xəstəlikləri”, Bakı, 2012, N.Y. Bayramov; “Öd yollarının cərrahi xəstəlikləri”, Bakı, 2004, N.Y. Bayramov; “Portal hipertenziya”, Bakı, 2007, N.Y. Bayramov; “Təcili cərrahiyyədə müayinə qaydaları”, Bakı, 2009, N.Y. Bayramov, M. Hüseynova; “Qida borusunun portal hipertenziya mənşəli varikoz qanaxmaları”, Bakı, 2011; T.M. Rzayev, Ə.M. Rüstəm, A.H. Abbasov; “Koloproktologiyadan rəhbərlik”, H.A. Sultanov, E.A. Əliyev, 2012; “Nazik bağırsağın cərrahi xəstəlikləri”, Bakı 2016, N.Y. Bayramov, Ə.M. Rüstəm, B.M. Zeynalov və b.) nəşr olundu. Yeni tədris proqramına uyğun hər mövzu və mühazirə üzrə slide-lər və videofilmlərlə zənginləşdirilmiş əyani vasitələr hazırlandı, auditoriyalar və mühazirə zalı internetə bağlanmaqla kompüterləşdirildi. Kafedra Tibb Universitetinin yeni, beynəlxalq standartlara uyğun çoxmərtəbəli tədris-cərrahiyyə korpusuna köçdükdən sonra fəaliyyət imkanları daha da genişləndi. Universitet rəhbərliyi və kafedra müdirinin təşəbbüsü ilə mütəmadi olaraq respublika, Beynəlxalq səviyyəli elmi praktik tədbirlər, konqreslər, konfranslar, simpoziumlar, on-line kurslar, tədris-treninq kursları, canlı orqanlar və toxumalar üzərində treninq kursları, tələbələr, rezidentlər və gənc cərrahlar üçün seminarlar, vebinarlar, master-klasslar keçirildi. Kafedranın beynəlxalq elmi əlaqələrinin coğrafiyası xeyli genişləndi, əməkdaşların Türkiyə, Rusiya, Almaniya, Belçika, İspaniya, İtaliya, Fransa, Böyük Britaniya, Norveç, Braziliya və digər ölkələrin nüfuzlu universitetlərində elmi-praktik kurslarda, təkmilləşmə və ixtisasartırma kurslarında, konqreslərdə, toplantılarda fəal iştirakı təmin olundu. Almaniyanın (Berlin) və Türkiyənin (İstanbul, Malatya, Ankara) nüfuzlu universitetləri ilə birbaşa ikitərəfli əlaqələr quruldu, elmi əməkdaşlıq, müştərək elmi tədqiqat işləri yerinə yetirilməsinə başlanıldı. Professor N.Y. Bayrmovun rəhbərliyi altında kafedra əməkdaşlarının ixtisaslaşması hesabına ümumi cərrahlığın əksər sahələrini (qaraciyər, öd yolları və mədəaltı vəzi; orqan və toxumalar transplantasiyası; endokrin cərrahiyyə, kolorektal cərrahiyyə, yırtıq cərrahiyyəsi, metabolic və bariatric cərrahiyyə, təcili və təxirəsalınmaz cərrahiyyə) əhatə edən cərrahi briqadalar formalaşdırıldı.
Bu illərdə namizədlik (S.Ş. Salahova, P. Məhərrəmov, T.Q. Əliyev, T.C. Əmirov, T.İ. Ömərov, P.A. Aydınova) və doktorluq (E.A. Əliyev) dissertasiyaları müdafiə olundu. Əməkdaşların (N.Y. Bayramov, T.İ. Ömərov, R.A. Məmmədov, S.A. Əliyev, A.Ə. Qeybulla, E.A. Əliyev, Ə.M. Rüstəm, E.H. Əzimov, S.S. İmanova, N.A. Zeynalov, B.M. Zeynalov, T.C. Əmirov, S.Ş. Salahova, E.V. Əhmədova, N.M. Xıdırova, Ə.M. Əhmədov və b.) elmi əsərləri ölkənin və dünyanın cərrahi profilli nüfuzlu jurnallarında dərc edildi.
Kafedranın praktik fəaliyyət dairəsi xeyli genişləndi. Tibb universitetində və ölkədə ilk dəfə canlı donorda orqan (qaraciyər, böyrək) və kök hüceyrələri transplantasiyası, laparoskopik fundoplikasiya, laparoskopik uşaqlıq suspenzionu, laparoskopik kol- və hemikolektomiya, laparoskopik qaraciyər rezeksiyası, laparoskopik hemihepatektomiya, laparoskopik qaraciyər, dalaq, abdominal exinokokkektomiyalar, sistektomiyalar, metastazektomiyalar tipli özəllikli cərrrahi əməliyyatlar, torakoskopik əməliyyatlar icra edildi. Laparoskopik və endoskopik cərrahi əməliyyatların tətbiq dairəsi xeyli genişləndi. Hazırda kafedrada açıq əməliyyatlar yalnız ciddi göstərişlər əsasında və məhdud çərçivədə yerinə yetirilir.